کیت استخراج DNA باکتری های گرم مثبت و منفی

کیت استخراج DNA باکتری‌های گرم مثبت و منفی پارس توس (Bacteria DNA Extraction Kit): راه حل جامع برای خالص‌سازی DNA باکتریایی با کیفیت بالا

استخراج DNA ژنومی باکتریایی با کیفیت بالا، اولین و حیاتی‌ترین گام در بسیاری از کاربردهای میکروبیولوژی مولکولی، از جمله تشخیص باکتریایی، مطالعات مقاومت آنتی‌بیوتیکی، تعیین توالی (Sequencing)، فیلوژنتیک، PCR، Real-Time PCR (qPCR) و مهندسی ژنتیک است. با توجه به تفاوت‌های ساختاری دیواره سلولی بین باکتری‌های گرم مثبت و گرم منفی، یک کیت استخراج DNA باید قادر به لیز کارآمد هر دو نوع باکتری باشد. "کیت استخراج DNA باکتری‌های گرم مثبت و منفی پارس توس" (Bacteria DNA Extraction Kit) یک راه حل جامع و کارآمد را برای خالص‌سازی سریع DNA ژنومی از هر دو گروه باکتریایی ارائه می‌دهد. این کیت با بهره‌گیری از یک روش ستونی (Spin Column-based method) و ترکیبی از آنزیم‌های کلیدی، فرآیند استخراج را ساده، سریع و قابل اعتماد می‌سازد.

چالش‌های استخراج DNA از باکتری‌ها و راه حل کیت پارس توس

دیواره سلولی باکتری‌ها، به ویژه در باکتری‌های گرم مثبت (با لایه ضخیم پپتیدوگلیکان)، می‌تواند چالش بزرگی در فرآیند لیز سلولی باشد. کیت استخراج DNA باکتری‌های گرم مثبت و منفی پارس توس با استفاده از استراتژی چندوجهی، این چالش‌ها را به طور موثر مدیریت می‌کند:

1. لیز سلولی کارآمد:

   • لیزوزیم (Lysozyme): این کیت شامل لیزوزیم است که یک آنزیم ضروری برای شکستن پیوندهای گلیکوزیدی در لایه پپتیدوگلیکان دیواره سلولی باکتری‌ها (به ویژه گرم مثبت) می‌باشد. این مرحله به نرم شدن و تضعیف دیواره سلولی کمک می‌کند و فرآیند لیز را تسهیل می‌بخشد. (نکته: لیزوزیم به صورت پودر و به عنوان یک بخش فریزری از کیت ارائه می‌شود و باید در 20- درجه سانتی‌گراد نگهداری شود.)

   • پروتئیناز K (Proteinase K): این آنزیم پروتئولیتیک قوی، پروتئین‌ها (از جمله هیستون‌ها، نوکلئازها و سایر پروتئین‌های سلولی) را تجزیه می‌کند. این عمل باعث آزاد شدن DNA از ساختارهای سلولی و محافظت از آن در برابر تخریب آنزیمی می‌شود. (نکته: پروتئیناز K نیز به صورت پودر و به عنوان یک بخش فریزری از کیت ارائه می‌شود و باید در 20- درجه سانتی‌گراد نگهداری شود.)

   • بافر لیز (Lysis Buffer): (این بافر به احتمال زیاد در بافر PB یا در یک بافر جداگانه که ذکر نشده، گنجانده شده است) که حاوی دترجنت‌ها و سایر عوامل برای شکستن غشاهای سلولی و حل کردن اجزای سلولی است.

2. اتصال انتخابی DNA به ستون (DNA Binding to Column):

   • PB (Binding Buffer): این بافر حاوی نمک‌های کائوتروپیک است که به دناتوره کردن پروتئین‌های باقی‌مانده و ایجاد شرایط بهینه یونی برای اتصال DNA به غشای سیلیکا در ستون‌های چرخان کمک می‌کند.

   • Spin Columns: هسته اصلی این کیت، ستون‌های چرخان حاوی یک غشای سیلیکا با ظرفیت بالا است. در حضور نمک‌های کائوتروپیک و اتانول (که باید توسط کاربر اضافه شود)، DNA به طور انتخابی و محکم به این غشا متصل می‌شود، در حالی که پروتئین‌ها، لیپیدها، پلی‌ساکاریدها و سایر آلاینده‌ها از ستون عبور می‌کنند.

3. شستشو (Washing):

   • PW1 (Wash Buffer) و PW2 (Wash Buffer): این بافرها برای حذف موثر آلاینده‌های غیرمتصل یا ضعیف متصل شده (مانند نمک‌ها، پروتئین‌های کوچک، مهارکننده‌های آنزیمی و اجزای سلولی باقی‌مانده) استفاده می‌شوند. شستشوی کامل با این بافرها و چرخش‌های مکرر، تضمین‌کننده خلوص بالای DNA نهایی است. (نکته مهم: قبل از شروع کار، کاربران باید اتانول مطلق (Absolute Ethanol) را به بافرهای شستشو (که به صورت غلیظ در کیت ارائه شده‌اند) اضافه کنند.)

4. جدا کردن و بازیابی DNA خالص (Elution):

   • PE (Elution Buffer): در نهایت، DNA خالص شده با استفاده از این بافر (معمولاً یک بافر با pH قلیایی ملایم مانند TE Buffer یا آب عاری از نوکلئاز) از غشای سیلیکا جدا شده و در محلول معلق می‌شود. این بافر به حفظ پایداری DNA در بلندمدت کمک می‌کند.

اجزای کامل کیت استخراج DNA باکتری‌های گرم مثبت و منفی پارس توس (50 تستی):

• PB (Binding Buffer): بافر اصلی برای اتصال DNA به ستون.

• PW1 (Wash Buffer): بافر شستشوی اولیه (نیاز به افزودن اتانول مطلق).

• PW2 (Wash Buffer): بافر شستشوی ثانویه و نهایی (نیاز به افزودن اتانول مطلق).

• PE (Elution Buffer): بافر برای جداسازی DNA خالص.

• Lysozyme Buffer: بافر مخصوص برای فعال‌سازی و عملکرد لیزوزیم.

• Lysozyme Powder: پودر لیزوزیم (بخش فریزری).

• Lyophilized Proteinase K + PK Solution: پودر لیوفیلیزه پروتئیناز K به همراه محلول حلال آن (بخش فریزری).

• Spin Columns: ستون‌های حاوی غشای سیلیکا.

• Collection tubes: لوله‌های جمع‌آوری برای سانتریفیوژ و جمع‌آوری DNA.

ویژگی‌ها و مزایای برجسته کیت استخراج DNA باکتری‌های گرم مثبت و منفی:

• پروتکل ستونی سریع و راحت: این کیت بر اساس روش ستونی طراحی شده است که فرآیند استخراج DNA را بسیار ساده و کارآمد می‌سازد. زمان آماده‌سازی برای یک نمونه به حداقل می‌رسد.

• قابلیت استفاده برای هر دو نوع باکتری گرم مثبت و گرم منفی: این مهم‌ترین مزیت کیت است. با گنجاندن لیزوزیم و پروتئیناز K، کیت به طور موثر با ساختار دیواره سلولی متفاوت هر دو گروه باکتریایی (مانند اشریشیا کلی به عنوان گرم منفی و باسیلوس سرئوس به عنوان گرم مثبت) مقابله می‌کند.

• DNA با کیفیت بالا و مقدار زیاد: DNA ژنومی خالص سازی شده دارای "کیفیت و عملکرد عالی" است. این DNA عاری از پروتئین‌ها، RNA، پلی‌ساکاریدها و سایر مهارکننده‌های آنزیمی است.

• کاربردپذیری گسترده در برنامه‌های پایین‌دستی حساس: DNA استخراج شده کاملاً کاربردی بوده و با برنامه‌های حساس پایین‌دستی از جمله "تعیین توالی (Sequencing)، PCR، qPCR و موارد دیگر" سازگار است. این تضمین می‌کند که نتایج آزمایش‌های بعدی دقیق و قابل اعتماد خواهند بود.

• مقدار نمونه مورد نیاز: برای این روش به "میزان 3 تا 5 میلی‌لیتر محیط کشت باکتریایی" نیاز است، که برای بیشتر کاربردها مقداری استاندارد و مناسب است.

• بسته‌بندی 50 تستی: این بسته‌بندی برای آزمایشگاه‌هایی که نیاز به حجم بالایی از استخراج دارند، مقرون به صرفه است.

نکات مهم قبل از شروع کار:

• فراهم کردن اتانول مطلق: "قبل از شروع کار با کیت لطفا اتانول مطلق (Absolute Ethanol) فراهم گردد." این ماده از اجزای کیت نیست و باید توسط کاربر تهیه شود.

• شرایط نگهداری: این محصول دارای دو بخش فریزری (Lysozyme و Proteinase K) است که باید در فریزر 20- درجه سانتی‌گراد نگهداری شوند. سایر اجزا (بافرها، ستون‌ها و لوله‌ها) باید در دمای اتاق نگهداری شوند.

نتیجه‌گیری

"کیت استخراج DNA باکتری‌های گرم مثبت و منفی پارس توس" (Bacteria DNA Extraction Kit) یک راه حل جامع، قابل اعتماد و کارآمد برای جداسازی DNA ژنومی با کیفیت بالا از هر دو گروه باکتریایی است. با پروتکل ساده و سریع مبتنی بر ستون، و ترکیب هوشمندانه لیزوزیم و پروتئیناز K، این کیت به محققان امکان می‌دهد تا به سرعت و با اطمینان، DNA لازم برای طیف وسیعی از کاربردهای میکروبیولوژی مولکولی و تشخیصی را به دست آورند. این محصول ابزاری ضروری برای هر آزمایشگاه در حوزه میکروبیولوژی، بیوتکنولوژی و علوم زیستی است که به دنبال نتایج دقیق و قابل تکرار در آنالیز DNA باکتریایی هستند.