لودینگ سه رنگ DNA (6X)

لودینگ سه رنگ DNA (6X) پارس توس (6X TriColor DNA Loading Dye Pars Toos) یک محلول متراکم (6 برابر غلظت کاری) است که برای مخلوط کردن با نمونه‌های DNA قبل از بارگذاری آن‌ها در چاهک‌های ژل آگارز یا پلی‌آکریل‌آمید در روش الکتروفورز مورد استفاده قرار می‌گیرد. این محلول حاوی سه رنگ ردیابی است: زایلن سیانول FF (Xylene cyanol FF)، بروموفنل بلو (Bromophenol blue) و اورنج G (Orange G). وجود این سه رنگ با سرعت‌های مهاجرت متفاوت، به کاربر امکان می‌دهد تا پیشرفت مهاجرت DNA در طول الکتروفورز را با دقت بیشتری ردیابی کند و محدوده تقریبی اندازه قطعات DNA در حال جداسازی را تخمین بزند.

ویژگی‌های لودینگ سه رنگ DNA (6X) پارس توس:

• غلظت 6X: این محصول به صورت یک محلول 6 برابر غلیظ ارائه می‌شود. برای استفاده، باید آن را با نمونه DNA به نسبت 1 به 5 (یک حجم لودینگ دای به ازای هر 5 حجم نمونه DNA) مخلوط کنید.

• سه رنگ ردیابی: این لودینگ دای حاوی سه رنگ با سرعت‌های مهاجرت متفاوت در ژل آگارز است:

  • اورنج G (Orange G): سریع‌ترین رنگ است و معمولاً با DNA به طول تقریبی 10 تا 20 نوکلئوتید هم‌مهاجرت می‌کند. این رنگ برای ردیابی حرکت مولکول‌های بسیار کوچک DNA مفید است.

  • بروموفنل بلو (Bromophenol blue): رنگ با سرعت متوسط است و معمولاً با DNA به طول تقریبی 300 جفت باز (bp) در ژل آگارز 1% هم‌مهاجرت می‌کند. این رنگ برای ردیابی قطعات DNA با اندازه متوسط مناسب است.

  • زایلن سیانول FF (Xylene cyanol FF): کندترین رنگ است و معمولاً با DNA به طول تقریبی 4 کیلوباز (kb) در ژل آگارز 1% هم‌مهاجرت می‌کند. این رنگ برای ردیابی قطعات بزرگ DNA کاربرد دارد.

• ردیابی دقیق‌تر: وجود سه رنگ ردیابی با طیف وسیع‌تری از سرعت‌های مهاجرت، به کاربر امکان می‌دهد تا موقعیت تقریبی قطعات DNA با اندازه‌های مختلف را در طول الکتروفورز با دقت بیشتری تخمین بزند.

• جلوگیری از خروج DNA از ژل: با مشاهده حرکت این سه رنگ، کاربر می‌تواند زمان مناسب برای توقف الکتروفورز را تعیین کند و از خروج قطعات DNA با اندازه‌های مختلف، به ویژه قطعات کوچک، از ژل جلوگیری نماید.

• سهولت استفاده: غلظت 6X استفاده از آن را آسان می‌کند. کافی است مقدار مناسب از لودینگ دای را با نمونه DNA مخلوط کرده و سپس در چاهک ژل بارگذاری کنید.

• سازگاری با ژل‌های آگارز و پلی‌آکریل‌آمید: این لودینگ دای برای استفاده در هر دو نوع ژل آگارز و پلی‌آکریل‌آمید مناسب است.

نحوه استفاده از لودینگ سه رنگ DNA (6X) پارس توس:

1. تهیه مخلوط لودینگ دای و نمونه DNA: به ازای هر 5 حجم از نمونه DNA، 1 حجم از لودینگ سه رنگ DNA (6X) پارس توس را به آن اضافه کنید. به عنوان مثال، برای 5 میکرولیتر نمونه DNA، 1 میکرولیتر لودینگ دای اضافه کنید تا حجم نهایی 6 میکرولیتر شود.

2. مخلوط کردن: محلول را به آرامی و به خوبی مخلوط کنید تا لودینگ دای به طور یکنواخت در نمونه DNA پخش شود. برای این کار می‌توانید از یک پیپت برای بالا و پایین کشیدن آرام محلول استفاده کنید.

3. بارگذاری در چاهک ژل: مخلوط نمونه DNA و لودینگ دای را با دقت در چاهک‌های ژل آگارز یا پلی‌آکریل‌آمید بارگذاری کنید. لودینگ دای به دلیل داشتن یک عامل سنگین کننده، به نشستن نمونه در ته چاهک کمک می‌کند.

4. اجرای الکتروفورز: الکتروفورز را طبق پروتکل معمول خود انجام دهید. حرکت رنگ‌های اورنج G، بروموفنل بلو و زایلن سیانول FF را در طول ژل مشاهده کنید تا پیشرفت جداسازی DNA را ردیابی نمایید.

5. توقف الکتروفورز: با توجه به اندازه قطعات DNA مورد نظر خود، زمانی که رنگ ردیابی مناسب به موقعیت مورد نظر در ژل رسید، الکتروفورز را متوقف کنید. اورنج G برای قطعات بسیار کوچک، بروموفنل بلو برای قطعات با اندازه متوسط و زایلن سیانول FF برای قطعات بزرگ‌تر به عنوان نشانگر عمل می‌کنند.

نتیجه‌گیری:

لودینگ سه رنگ DNA (6X) پارس توس یک ابزار مفید و کارآمد برای آماده‌سازی نمونه‌های DNA قبل از الکتروفورز است. وجود سه رنگ ردیابی با سرعت‌های مهاجرت متفاوت، امکان نظارت دقیق‌تر بر جداسازی قطعات DNA با اندازه‌های مختلف را فراهم می‌کند و به کاربر در بهینه‌سازی زمان الکتروفورز و جلوگیری از خروج DNA از ژل کمک می‌کند. استفاده از این لودینگ دای با غلظت مناسب، یک مرحله مهم در فرآیند الکتروفورز ژل آگارز و پلی‌آکریل‌آمید برای جداسازی و آنالیز دقیق DNA است.