بافر الکتروفورز TAE (50x)

بافر الکتروفورز TAE (50x) پارس توس یک محلول بافری غلیظ (50 برابر غلظت کاری) است که برای استفاده در الکتروفورز ژل آگارز به منظور جداسازی اسیدهای نوکلئیک (DNA و RNA) در آزمایشگاه‌های بیولوژی مولکولی تولید می‌شود. این بافر حاوی ترکیبی از تریس (Tris base)، اسید استیک (acetic acid) و EDTA (ethylenediaminetetraacetic acid) است که هر کدام نقش مهمی در عملکرد آن دارند.

نقش اجزای بافر TAE:

• تریس (Tris base): یک بافر با ظرفیت خوب در محدوده pH قلیایی است و pH محلول را در طول الکتروفورز در محدوده مناسب (معمولاً حدود 8.3) حفظ می‌کند. حفظ pH ثابت برای جلوگیری از دناتوراسیون DNA و RNA و اطمینان از بار یکنواخت آن‌ها ضروری است.

• اسید استیک (Acetic acid): برای تنظیم pH بافر تریس به مقدار مورد نظر استفاده می‌شود. واکنش بین تریس (یک باز ضعیف) و اسید استیک، یک سیستم بافری ایجاد می‌کند که در برابر تغییرات pH مقاومت می‌کند.

• EDTA (اتیلن دی آمین تترا استیک اسید): یک عامل شلاته‌کننده قوی است که به یون‌های فلزی دو ظرفیتی مانند منیزیم (Mg²⁺) متصل می‌شود. این یون‌ها کوفاکتور بسیاری از آنزیم‌های نوکلئاز (DNase و RNase) هستند که می‌توانند DNA و RNA را تخریب کنند. با شلاته کردن این یون‌ها، EDTA از فعالیت این آنزیم‌ها جلوگیری کرده و از تخریب اسیدهای نوکلئیک در طول الکتروفورز محافظت می‌کند.

کاربرد بافر TAE در الکتروفورز آگارز:

بافر TAE به طور گسترده‌ای به عنوان بافر رانینگ (running buffer) در حوضچه الکتروفورز و همچنین در تهیه ژل آگارز برای جداسازی قطعات DNA و RNA استفاده می‌شود. هنگام تهیه ژل آگارز، پودر آگارز در محلول بافر TAE با غلظت کاری حل شده و پس از سرد شدن و تشکیل ژل، در حوضچه الکتروفورز نیز از همین بافر برای ایجاد محیط رسانا استفاده می‌شود.

مزایا و معایب بافر TAE:

• سرعت بالای مهاجرت DNA: DNA خطی و دورشته‌ای در بافر TAE سریع‌تر از بافر TBE (تریس-بورات-EDTA) مهاجرت می‌کند. این می‌تواند در مواردی که زمان الکتروفورز اهمیت دارد یا نیاز به جداسازی سریع قطعات DNA است، یک مزیت محسوب شود.

• ظرفیت بافری کمتر نسبت به TBE: بافر TAE ظرفیت بافری کمتری در مقایسه با بافر TBE دارد. این بدان معناست که در طول الکتروفورز طولانی مدت یا با ولتاژ بالا، pH بافر TAE ممکن است تغییر کند و منجر به کاهش کیفیت جداسازی شود. در این موارد، تعویض بافر رانینگ توصیه می‌شود.

• مناسب برای جداسازی DNA بزرگ: به دلیل سرعت بالای مهاجرت، بافر TAE اغلب برای جداسازی قطعات بزرگ DNA (>12 کیلوباز) ترجیح داده می‌شود.

• سازگاری با برخی کاربردهای پایین دستی: بافر TAE معمولاً برای برخی از کاربردهای پایین دستی مانند لیگیزاسیون (اتصال قطعات DNA) و ترانسفورماسیون مناسب‌تر است، زیرا بورات موجود در بافر TBE می‌تواند برخی از آنزیم‌ها را مهار کند.

تأثیر نمک بر مهاجرت DNA در بافر TAE:

همانطور که اشاره شد، وجود غلظت بالای نمک (به ویژه کلرید سدیم) در نمونه DNA می‌تواند حرکت آن را در ژل آگارز حاوی بافر TAE کند کند. این امر می‌تواند منجر به تفسیر نادرست نتایج و الگوی باندهای DNA شود. بنابراین، توصیه می‌شود تا حد امکان از وجود غلظت بالای نمک در نمونه‌های DNA قبل از بارگذاری در ژل آگارز حاوی بافر TAE اجتناب شود.

بافر TAE (50x) پارس توس:

بافر TAE تولیدی شرکت پارس توس به صورت محلول غلیظ 50 برابر (50X) ارائه می‌شود. این بدان معناست که برای تهیه بافر با غلظت کاری 1 برابر (1X)، باید 1 واحد حجم از بافر 50X با 49 واحد حجم آب مقطر یا دیونیزه استریل رقیق شود. به عنوان مثال، برای تهیه 1 لیتر بافر TAE 1X، باید 20 میلی‌لیتر از بافر 50X پارس توس را با 980 میلی‌لیتر آب مقطر مخلوط کنید.

ویژگی‌های بافر TAE (50x) پارس توس:

• غلظت: 50 برابر (50X)

• کیفیت: معرف کاملاً خالص

• کاربرد: الکتروفورز ژل آگارز برای جداسازی DNA و RNA

• تولید کننده: شرکت پارس توس

نحوه استفاده از بافر TAE (50x) پارس توس:

1. تهیه بافر کاری 1X: مقدار مورد نیاز از بافر TAE 50X پارس توس را مطابق با حجم نهایی مورد نظر با آب مقطر یا دیونیزه استریل رقیق کنید (نسبت 1:49).

2. تهیه ژل آگارز: پودر آگارز را در بافر TAE 1X با غلظت مورد نظر حل کرده و پس از ذوب شدن و سرد شدن، در قالب بریزید تا ژل تشکیل شود.

3. بارگذاری نمونه‌ها: نمونه‌های DNA یا RNA مخلوط شده با بافر بارگذاری مناسب را در چاهک‌های ژل بارگذاری کنید.

4. اجرای الکتروفورز: حوضچه الکتروفورز را با بافر TAE 1X پر کنید تا سطح بافر بالاتر از سطح ژل باشد. ولتاژ مناسب را تنظیم کرده و الکتروفورز را تا زمان جداسازی مناسب قطعات اسید نوکلئیک ادامه دهید.

5. رنگ‌آمیزی و مشاهده: پس از اتمام الکتروفورز، ژل را با رنگ مناسب (مانند اتیدیوم بروماید یا SYBR Safe) رنگ‌آمیزی کرده و تحت نور UV مشاهده و تصویربرداری کنید.

نتیجه‌گیری:

بافر الکتروفورز TAE (50x) پارس توس یک معرف با کیفیت و خالص است که برای جداسازی موثر DNA و RNA در الکتروفورز ژل آگارز ضروری است. با توجه به سرعت بالای مهاجرت DNA در این بافر و سازگاری آن با برخی کاربردهای پایین دستی، یک انتخاب رایج در آزمایشگاه‌های بیولوژی مولکولی محسوب می‌شود. هنگام استفاده از این بافر، توجه به ظرفیت بافری آن و اجتناب از وجود غلظت بالای نمک در نمونه‌ها برای حصول نتایج دقیق و قابل اعتماد حائز اهمیت است.