بافر الکتروفورز TBE (10X)

بافر الکتروفورز TBE (10X) پارس توس یک محلول بافری غلیظ (10 برابر غلظت کاری) است که برای استفاده در الکتروفورز ژل آگارز و پلی‌آکریل‌آمید به منظور جداسازی اسیدهای نوکلئیک (DNA و RNA) در آزمایشگاه‌های بیولوژی مولکولی تولید می‌شود. این بافر حاوی ترکیبی از تریس (Tris base)، اسید بوریک (boric acid) و EDTA (ethylenediaminetetraacetic acid) است که هر کدام نقش مهمی در عملکرد آن دارند.

نقش اجزای بافر TBE:

• تریس (Tris base): همانند بافر TAE، تریس در بافر TBE نیز به عنوان یک عامل بافری عمل می‌کند و pH محلول را در محدوده قلیایی (حدود 8.3) در طول الکتروفورز حفظ می‌کند. این پایداری pH برای حفظ بار منفی یکنواخت بر روی مولکول‌های اسید نوکلئیک و جلوگیری از دناتوراسیون آن‌ها ضروری است.

• اسید بوریک (Boric acid): اسید بوریک در کنار تریس، ظرفیت بافری محلول را افزایش می‌دهد. سیستم بافری تریس-بورات نسبت به سیستم تریس-استات (در بافر TAE) در برابر تغییرات pH مقاومت بیشتری نشان می‌دهد، به ویژه در طول الکتروفورز طولانی مدت یا با ولتاژ بالا.

• EDTA (اتیلن دی آمین تترا استیک اسید): EDTA در بافر TBE نیز نقش یک عامل شلاته‌کننده را ایفا می‌کند و با اتصال به یون‌های فلزی دو ظرفیتی مانند منیزیم (Mg²⁺)، از فعالیت آنزیم‌های نوکلئاز که می‌توانند DNA و RNA را تخریب کنند، جلوگیری می‌کند. غلظت EDTA در بافرهای TBE معمولاً در حدود 1 میلی‌مولار تنظیم می‌شود تا از تخریب اسیدهای نوکلئیک محافظت شود، ضمن اینکه تا حد امکان از مهار آنزیم‌های اصلاح‌کننده DNA که برای فعالیت خود به یون منیزیم نیاز دارند، جلوگیری شود.

کاربرد بافر TBE در الکتروفورز آگارز و پلی‌آکریل‌آمید:

بافر TBE به طور گسترده‌ای به عنوان بافر رانینگ و در تهیه ژل‌های آگارز و پلی‌آکریل‌آمید برای جداسازی قطعات DNA و RNA با اندازه‌های مختلف استفاده می‌شود. ظرفیت بافری بالاتر TBE آن را برای الکتروفورز طولانی مدت و ولتاژهای بالاتر مناسب‌تر می‌سازد، زیرا pH ژل در طول زمان پایدارتر باقی می‌ماند.

مقایسه بافر TBE با بافر TAE:

• ظرفیت بافری: بافر TBE در مقایسه با بافر TAE از ظرفیت بافری بالاتری برخوردار است. این مزیت باعث می‌شود که pH ژل در طول الکتروفورز پایدارتر بماند، به ویژه در زمان‌های طولانی یا ولتاژهای بالا.

• سرعت مهاجرت DNA: به دلیل رسانایی کمتر بافر TBE، سرعت حرکت DNA دورشته‌ای (dsDNA) در آن کمتر از بافر TAE است. این بدان معناست که برای جداسازی قطعات DNA با اندازه مشابه، ممکن است زمان بیشتری برای الکتروفورز در بافر TBE نیاز باشد. با این حال، قدرت تفکیک باندها در بافر TBE اغلب بهتر است.

• قدرت تفکیک: به طور کلی، بافر TBE به دلیل ظرفیت بافری بالاتر و پایداری pH بهتر، قدرت تفکیک بالاتری برای جداسازی قطعات DNA کوچک و متوسط در ژل‌های آگارز و به ویژه ژل‌های پلی‌آکریل‌آمید ارائه می‌دهد.

• کاربردهای پایین دستی: بورات موجود در بافر TBE می‌تواند برخی از آنزیم‌های اصلاح‌کننده DNA مانند آنزیم‌های محدودکننده و DNA لیگاز را مهار کند. بنابراین، در مواردی که پس از الکتروفورز نیاز به انجام واکنش‌های آنزیمی بر روی DNA جدا شده باشد، استفاده از بافر TAE ممکن است ترجیح داده شود.

ویژگی بافر الکتروفورز TBE (10X) پارس توس:

بافر (10X) TBE تولیدی شرکت پارس توس از جمله معرف‌های با درجه خلوص بالا است که برای تهیه بافرهای الکتروفورز ارائه می‌گردد. این بافر به طور موثر در جداسازی DNA دورشته‌ای در ژل‌های آگارز و پلی‌آکریل‌آمید مورد استفاده قرار می‌گیرد و به دلیل کیفیت بالای مواد اولیه، نتایج قابل اعتمادی را ارائه می‌دهد. غلظت 10X این بافر، امکان تهیه حجم‌های مختلف بافر کاری را با رقیق‌سازی آسان فراهم می‌کند.

نحوه استفاده از بافر TBE (10X) پارس توس:

1. تهیه بافر کاری 1X: مقدار مورد نیاز از بافر TBE 10X پارس توس را مطابق با حجم نهایی مورد نظر با آب مقطر یا دیونیزه استریل رقیق کنید (نسبت 1:9). به عنوان مثال، برای تهیه 1 لیتر بافر TBE 1X، باید 100 میلی‌لیتر از بافر 10X پارس توس را با 900 میلی‌لیتر آب مقطر مخلوط کنید.

2. تهیه ژل آگارز یا پلی‌آکریل‌آمید: پودر آگارز یا محلول آکریل‌آمید/بیس‌آکریل‌آمید را در بافر TBE 1X با غلظت مورد نظر حل کرده و طبق پروتکل مناسب، ژل را تهیه کنید.

3. بارگذاری نمونه‌ها: نمونه‌های DNA یا RNA مخلوط شده با بافر بارگذاری مناسب را در چاهک‌های ژل بارگذاری کنید.

4. اجرای الکتروفورز: حوضچه الکتروفورز را با بافر TBE 1X پر کنید تا سطح بافر بالاتر از سطح ژل باشد. ولتاژ مناسب را تنظیم کرده و الکتروفورز را تا زمان جداسازی مناسب قطعات اسید نوکلئیک ادامه دهید. به خاطر داشته باشید که سرعت مهاجرت DNA در بافر TBE ممکن است کمی کندتر از بافر TAE باشد.

5. رنگ‌آمیزی و مشاهده: پس از اتمام الکتروفورز، ژل را با رنگ مناسب (مانند اتیدیوم بروماید یا SYBR Safe برای اسیدهای نوکلئیک، و کوماسی بلو یا رنگ‌آمیزی نقره برای ژل پلی‌آکریل‌آمید) رنگ‌آمیزی کرده و تحت نور مناسب مشاهده و تصویربرداری کنید.

نتیجه‌گیری:

بافر الکتروفورز TBE (10X) پارس توس یک معرف با کیفیت و با ظرفیت بافری بالا است که برای جداسازی دقیق DNA و RNA در الکتروفورز ژل‌های آگارز و پلی‌آکریل‌آمید مناسب است. ظرفیت بافری بیشتر آن، پایداری pH بهتری را در طول الکتروفورز فراهم می‌کند و اغلب منجر به قدرت تفکیک بالاتری می‌شود. با در نظر گرفتن سرعت مهاجرت کمی کندتر DNA در مقایسه با بافر TAE و ملاحظات مربوط به کاربردهای پایین دستی آنزیمی، بافر TBE یک انتخاب ارزشمند برای بسیاری از آزمایش‌های بیولوژی مولکولی است.